നീറ്റ് നെറ്റ് പരീക്ഷ വിവാദങ്ങൾക്ക് പിന്നാലെയാണ് എഫ്എംജിഇ പരീക്ഷയുടെ സുതാര്യത സംബന്ധിച്ചും പരാതികൾ ഉയർന്നത്. വിദേശത്ത് മെഡിക്കൽ പഠനം നടത്തിയ വിദ്യാർത്ഥികൾക്ക് രാജ്യത്ത് പ്രാക്ടീസ് ചെയ്യാനായി പാസാക്കേണ്ട പരീക്ഷയാണിത്. പരീക്ഷ നടപടികൾ എല്ലാം നാഷണൽ ബോർഡ് ഓഫ് എക്സാമിനേഷൻ രഹസ്യമാക്കുന്നുവെന്നാണ് വിദ്യാർത്ഥികളുടെ പരാതി.2002 മുതലാണ് വിദേശത്ത് നിന്ന് ഇന്ത്യയിലേക്ക് പഠനം പൂർത്തിയാക്കി എത്തുന്ന മെഡിക്കൽ വിദ്യാർത്ഥികൾക്ക് എഫ്എംജിഇ പരീക്ഷ തുടങ്ങിയത്.

വർഷത്തിൽ രണ്ടുതവണ നടത്തുന്ന ഈ പരീക്ഷ പാസായി ഇന്‍റേണ്‍ഷിപ്പ് പൂർത്തിയാൽ മാത്രമേ ഇന്ത്യയിൽ മെഡിക്കൽ പ്രാക്ടീസിന് ആർഹത നേടൂ. മെഡിക്കൽ കൌൺസിലിന് വേണ്ടി നാഷഷണല്‍ ബോര്‍ഡ് ഓഫ് എക്സാമിനേഷൻസ്  (National Board of Examinations) ആണ് പരീക്ഷ നടത്തുന്നത്. നിലവിലെ പരീക്ഷ വിവാദത്തിനിടെ എന്‍ബിഇ നടത്തുന്ന നീറ്റ് പിജി പരീക്ഷയും മാറ്റിയതോടെയാണ് എഫ്എംജിഇ പരീക്ഷയെ കുറിച്ച് പരാതിയുമായി വിദ്യാർത്ഥികൾ രംഗത്ത് എത്തുന്നത്.